为深入贯彻“以港兴市、江海联动”总体发展战略，充分发挥南通港作为国家主枢纽港及上海国际航运中心北翼重要港口作用，加快推进全市现代港口物流业的发展，南通市政府出台了《关于加快南通港口集装箱运输发展的若干意见（试行）》。该意见的出台，为南通港口在新一轮沿海开发中加快推进港口集装箱运输与现代物流业的对接和融合奠定了重要的政策基础。
该意见针对港口集装箱发展的码头、岸线、箱源及口岸环境关键环节，制定了四个方面的政策举措：一是鼓励码头建设，明确优先供地、实行优惠地价、对集装箱码头企业实行税收奖励优惠等；二是鼓励开辟航线，对已有航线与新辟内贸航线实行一次性补贴，对集装箱码头企业采用“包航线”方式新辟国际航线的，在三年培育期内实施财政补贴；三是鼓励增加箱量，对船公司完成吞吐量达到一定标准即给予奖励，对货代公司年度增量的集装箱进行奖励，对生产贸易企业利用本港进出增量集装箱进行奖励；四是进一步优化口岸环境，通过实行5+2全天候工作制，进一步加快集装箱通关速度，提高通关质量，培育良好的口岸发展环境。该意见同时还鼓励集装箱码头企业运用经济杠杆，积极吸引货源。
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